Nach Angaben seines Bruders Dick Johnston hatte der Sänger indes seit Jahren mit gesundheitlichen Problemen zu kämpfen.

Bekannt wurde Johnston mit skurrilen Folksongs mit Titeln wie "Life in Vain", "True Love Will Find You in the End" und "Walking the Cow", die oft von unschuldigen Bitten um Liebe und Zuwendung handeln. Zudem war er als bildender Künstler aktiv. Musiker wie Kurt Cobain von "Nirvana", Tom Waits sowie "The Simpsons"-Schöpfer Matt Groening schätzten sein Werk.

Johnston hatte zwar eine treue Untergrund-Fangemeinde, doch blieb ihm der grosse Durchbruch wohl nicht zuletzt wegen massiven psychischen Problemen verwehrt. Sein Kampf gegen seine manische Depression bildete das Herzstück der für einen Oscar nominierten Dokumentation "The Devil und Daniel Johnston" von 2005. Johnston wurde 58 Jahre alt.